魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀弱。魔法を保持・行使する「魔法師」育成機関「魔法科高校」に今春、とある少女が入学する。容姿端麗で完全無欠な優等生―――彼女の名は、司波深雪。共に入学した兄・達也との仲睦まじい高校生活を夢見ていた深雪だったが、彼女の前に一科生と二科生―――優等生と劣等生との壁が立ちはだかり……!?
兄に肉親以上の想いを寄せる妹・深雪の視点から瑞々しく描かれる、もうひとつの「魔法科高校」、ここに開幕。